Angielski tytuł: Pokémon: Destiny Deoxys
Japoński tytuł: Rekkū no Hōmonsha Deoxys, Sky-Splitting Visitor: Deoxys, Visitor of the Space Fissure

Produkcja: Japonia, USA
Data japońskiej premiery: 17 lipca 2004 r.
Data amerykańskiej premiery: 22 stycznia 2005 r.
Reżyseria: Kunihiko Yuyama
Scenariusz: Hideki Sonoda
Czas trwania: 98 minut
Pikachu Short: Pikachu's Summer Festival!
Cztery lata przed wydarzeniami z animé, w Arktyce prowadzono badania nad Pokémonami. Kierował nimi profesor Lund. Jego syn wybiegł na lodową pustynię, gdzie omal nie stratowały go Sealeo i Walreiny. Wyratował go ojciec wraz z towarzyszącą mu Yuko. Foki wystraszył upadek meteorytu, z którego na oczach naukowców wyszedł Deoxys, ukształtowany na niebieskim krysztale, i chwycił inny kryształ, tym razem zielony, próbując wzbudzić podobnego sobie Pokémona. Przerywa mu jednak Rayquaza i wywiązuje się totalna walka, wskutek której zdemolowany zostaje arktyczny ośrodek badawczy. Na skutek tych wydarzeń, profesor Lund wraz z naukowcami przenosi się do miasta Larousse, by tam prowadzić badania, zainspirowany nadzwyczajną zdolnością regeneracji Deoxysa. W badaniach ma wykorzystać zielony kryształ, który spadł w meteorycie wraz z Deoxysem.

Dzień dzisiejszy.
Ash, May, Max i Brock przybywają do miasta Larousse. Miasto ma ogromną wieżę walk, a lokalne zawody są przedmiotem dyskusji wielu osób. Ash chce wziąć udział w zawodach, lecz odłącza się od grupy, szukając dziwnego chłopaka, który najwyraźniej boi się Pokémonów. Pragnąc przekonać go o tym, że Pokémony nie są straszne, zaciąga go do budynku, gdzie zapoznaje go ze swoim Pikachu. Tym młodym chłopcem jest Tory, syn profesora Lunda, który przybył do miasta cztery lata temu i bada regenerację Pokémonów. Ash i Tory niespodziewanie wchodzą w zły korytarz i trafiają prosto na arenę wieży walk Larousse, gdzie zmuszeni są walczyć z potężnym Blazikenem i Blastoisem. Tory nie ma Pokémonów, więc Ash pożycza mu swoje i chłopak niechętnie godzi się na walkę, lecz wirujący Rapid Spinem Blastoise przypomina mu o gromadzie Walreinów, które mało go nie zabiły na biegunie i panikuje. Wybrane przez Asha Pokémony szybko przegrywają, a po walce Ash spotyka się z profesorem Lundem i Yuko, którzy objaśniają dziwne zachowanie Toryego. Wyjaśniają trenerowi także, że prowadzili badania nad niesamowitymi zdolnościami regeneracji Deoxysa w trakcie jego walki z Rayquazą. Jednak w trakcie tej rozmowy, na biegunie północnym, pokrywę lodową przebija Deoxys, błyszcząc niebieskim kryształem, w pełni zregenerowany i gotowy do działania. Błyskawicznie wyczuwa, gdzie jest przeniesiony wraz z naukowcami zielony kryształ, i obiera kierunek na miasto Larousse. Psychiczną aurę Deoxysa wyczuwa z daleka także Rayquaza i oba Pokémony kierują się w na tętniące życiem miasto.

Ash, May, Max, Tory i Brock poznają wielu innych trenerów, także tych, z którymi Ash i Tory walczyli w Larousse Battle Tower. Pewnego wieczoru na niebie ukazuje się ogromna, fioletowa zorza polarna i całe miasto jest zadziwione nietypowym dla położenia miasta zjawiskiem. Był to znak, że Deoxys zakończył poszukiwania zielonego kryształu na jeden dzień. Pokémon jednak wyczuł, że do miasta zbliża się smok, i pamiętając, co stało się cztery lata temu na biegunie północnym, decyduje się ochronić ludzi. Ukazuje się publicznie w środku dnia i dzieli się na dziesiątki, setki, tysiące klonów, które bez jednego słowa porywają tysiące ludzi i umieszczają ich w jednym miejscu. Tylko najsilniejsi trenerzy zdołali się ochronić. Z klonami Deoxysa walczy także system obronny miasta: seria robotów zwanych Blocky, jednak bez większego skutku. Trwa ewakuacja.

W miarę zbliżania się smoka, Deoxys otacza miasto potężną psychiczną barierą. Jej efektem ubocznym jest uszkodzenie urządzeń elektrycznych. W zamkniętym, jak pod ogromnym kloszem, mieście, powietrze się uspokaja, a wiatr przestaje wiać. Łopaty wiatraków stoją w miejscu i w całym mieście gasną światła, stają ruchome schody, gasną centrale dowodzenia, padają roboty. Miasto zamiera i właśnie wtedy przybywa Rayquaza, z wściekłością szturmując osłony Deoxysa, jednak bez skutku. Ten ostatni Pokémon, nie zważając na nic, wraca do poszukiwania zielonego kryształu.

Ash i gromada wymykają się z kryjówek, pokonują wszystkie klony, jakie staną im na drodze, i atakują prawdziwego Deoxysa. Hiperpromień Blazikena okazuje się być na tyle silny, by na kilka sekund zdekoncentrować przeciwnika. Chwilę słabości wykorzystuje Rayquaza i przebija się przez barierę. W tym momencie może się wydawać, że mordercza walka powtórzy się i faktycznie, Rayquaza masowo unicestwia klony Deoxysa i wkrótce oba Pokémony stają oko w oko. Ash, May, Max, Tory, Brock i inni trenerzy wykorzystują swoje Pokémony do uruchomienia łopat wiatraków elektrowni wiatrowej i udaje im się to akurat w chwili, gdy Rayquaza uderza Deoxysem z dużą prędkością o twardy beton, a bariera zanika. Wiatr zaczyna wiać, a do miasta dochodzi elektryczność. System obronny Blocky się budzi.

Tory przełamuje swój strach przed Pokémonami przy pomocy Plusle i Minuna, i wkrótce okazuje się, że Deoxys szuka zielonego kryształu, ale nie może go znaleźć, bo przeszkadza mu Rayquaza i ukrycie przedmiotu. Profesor Lund prowadzi syna oraz Asha do laboratorium pod ziemią, gdzie, przy pomocy Pikachu, do kryształu zostaje dodana wielka ilość energii i wkrótce wychodzi z niego zielony Deoxys. Tymczasem niebieski Deoxys powstał z gruzów i całkiem pokonuje smoka. W chwili, gdy kula Psycho Boost już ma go dobić, przed nią ustawia się zielony Pokémon i wytwarza barierę, która chroni smoka. Eksplozja odrzuca wszystkie Pokémony, ale zielony i niebieski Deoxys wkrótce się spotykają i rozpoczynają powolny taniec wokół słupów światła, które tworzą niebieskozieloną zorzę.

Spod zawalonego mostu zrywa się Rayquaza i celuje Hiperpromieniem w oba Pokémony. Wywiązuje się gwałtowna walka, w trakcie której cała trójka wbija się do wieży walk Larousse, demolując pewne jej piętra. Nadchodzi system obronny miasta - Blocky, jednak kontakt z Deoxysem niszczy jego układy i po chwili miasto zalewa fala sześciennych robotów. Rayquazę chronią przed nimi Deoxysy, co skutkuje przyjaźnią między kosmicznymi Pokémonami, a wielkim smokiem. Na nieszczęście robotów jest tak wielu, że ich ciężar przygniata całą trójkę.

Ashowi na szczęście udaje się dotrzeć do głównego robota z paszportem, który resetuje ustawienia maszyn i przywraca wszystko do normy. Rayquaza i Deoxysy ulatują w niebo, ludzie zostają uwolnieni i wszystko wraca do normy.