Gra Pokemon Trozei posiada cztery tryby gry. Dwa są przeznaczone do gry jednoosobowej, a kolejne do rozgrywki w dwóch graczy. Najważniejszy tryb gry - Adventure, dzięki niemu wszystko nabiera tempa i przytrzymuje na klika godzin przy grze. Wcielamy się w postać Lucy Lightfoot, która jest agentką należącą do firmy Profesora P. - Secret Operation League (SOL). Naszym zadaniem jest ocalenie Pokemonów, które zostały porwane przez armię Phobosów.

W podróż wyruszamy z dwoma partnerami - Aipomem i Manectric'iem oraz z urządzeniem, zwanym Trozei Beamer zaprojektowanym przez Profesora P. Beamer pomaga uwalniać Pokemony. Podczas gry musimy ułożyć cztery rzędy w pionie, poziomie lub na ukos, właśnie wtedy uwalniamy stworki i wysyłamy do Profesora. Pamiętajmy, że Ditto może zastąpić każdego Pokemon! W trybie adventure będziemy musieli zmierzyć się między innymi z:

Generałem Buzzem

Generałem Avery

Generałem Aqua Leila

Generałem Grock

Ban-Booram

Endless Mode - Tryb, dla jednego gracza. Naszym celem jest zdobycie jak największej ilości punktów.

Battle Mode- Tryb do rozgrywki wieloosobowej. Musimy pokonać swojego rywala. Przegra ten, kogo całe pole zapełni się Pokemonami.

Pair Mode - Tryb dla dwóch graczy. Wspólnie z przyjacielem, musimy walczyć o jak najlepszy wynik, pomagając sobie.