Jak w każdych innym grach i w Pokemon Mystery Dungeon Team istnieją przedmioty zwane HMami. Pozwalają nam one dostać się do lokalizacji, do których bez nich raczej nie możemy zajrzeć. Takie są np. późniejsze misje w morskich dungeonach.

HM'ów jest osiem. Niektóre można nawet zdobyć kilka razy, jeśli je wcześniej zdobędziemy. Całkiem duże udogodnienie. Poniżej znajduje się lista HMów i ich lokalizacje
HM01 - Cut znajduje się na 80 Piętrze Undergrounds Ruins. Do jego zdobycia niezbędny jest klucz.

HM02 - Fly jest w Flying Dragon Hole. Podobnie jak do poprzedniego też jest wymagany klucz.

HM03 - Surf jest nieco łatwiej znaleźć. Leży na 20 piętrze w Sun Cave. To miejsce przyda nam sie odwiedzić. Także wymaga klucza.

HM04 - Strength jest w Underground Ruins na tym razem 60 piętrze. Nieźle się namęczymy nim go zdobędziemy, a jeśli dodać, że potrzebujemy dodatkowo Pokemona Ducha, lub Pokemona z Rock Smash to lepiej nie mówić.

HM05 - Flash jest w Underground Ruins. Tym razem 70 piętro. Także musimy mieć klucz.

HM06 - Rock Smash jak niemalże każdy HM jest w Underground Ruins, 45 piętro i klucz to niezbędność na ten HM.

HM07 - Waterfall będzie w Sun Cave na piętrze 15. Trochę łagodniej będzie więc go zdobić, lecz wymagany jest klucz.

HM08 - Dive dostaniemy w prezencie od Whiscash kiedy pokonamy Rayquazę. Gdy go zgubimy, to będzie leżeć na 10 pietrze w Sun Cave. Ta droga będzie jednak gorsza - Musimy mieć wodnego Pokemona i klucz.

Numerki HM wcale nie odpowiadają kolejności ich zdobywania. Właściwie to nie da się po kolei je zdobywać. Na kolejnych etapach gry zapoznacie się z nimi.